相手が投了した場合は自分が勝ちになっているはずです。
今回「相手が投了した」と書かれていますが、実際は通信を遮断したか接続が切れてしまったかで、投了ボダンは押されていなかったのではないでしょうか。

もしも投了ボタンが押されていたのに自分が勝ちになっていなかったら完全なトラブルですし、
通信が切断されたのなら中断対局になるのが普通で、変なところはありません。
中断になった場合どんなるルールが良いのかというのは、また別の問題になります。

以下は個人的な意見である。
YAHOOサイトのように、持ち時間から削られる方式ならある意味わかりやすいかもしれない。
5分5秒ならこの5分の残り時間から削られる。
15分60秒ならこの15分から削られる。
0分の場合は最低保証が90秒でこの90秒は対戦相手にのみ加算される。
これだったらお互いに残り時間で計算されるわけで、
終局迄の時間は変わらない。
また、回線が弱い人ほどフィッシャー選択となる。
ある程度のすみわけができるのではないだろうか？
なお、接続切れは2倍払い（90秒切断なら180秒削減）みたいな方式もありだと思う。

中断判定については色んな要素があり、見方、考え方、重要と思われるポイントなども人それぞれなので、難しいとは思います。

>真面目に指している人が損するシステムではだめだね。

例えば両対局者が真面目に指していて切断が起こったとします。
切断してしまったが為に負けたとしたら「真面目に指していたのに損をした」となってしまいます。
それを避けるには切断が負けにならないようにするしかありませんが、局面が悪いと意図的に切断する悪質な人もいるので、それが負けにならず、今度は切断された側が「逃げられた」という形で損をすることになります。
それで中断判定という形を取っているのですが、「真面目に指している人が損をしないシステム」というのは結構難しい部分もあるなと思っています。

私が対局中断で重要だと思っているのは・・・・・
切断の頻度ですね。
安定して切断せずに対局出来る人もいますが、切断の頻度が高くなってしまう人もいます。
なので、なるべく切断しにくいのでやってほしいということですが、ここが頭の痛いところだと思います。
「意図的に通信を切断させない限り中断は起こらない」というくらいに通信が安定していれば「中断即負け」でも良いのですけどね。
なので切断しやすい人も「それを使えば切断しない」というほど負荷の低いものがあれば良いのだけど。